Parece que você está usando o suPHP a julgar pelo erro. O www-data tem um uid e gid de menos de 500. Crie um novo usuário para esse site com um uid acima de 500 e um grupo associado com um gid maior que 500 e salve esses arquivos para esse novo usuário. Pode haver algumas outras configurações que precisam ser alteradas (há algum tempo, desde que usei suphp), mas esse é o ponto crucial de seu problema - uid e gid de www-data estão abaixo de 500.