Recentemente tive um problema semelhante. Eu estou no Ubuntu 14.04, então o problema pode ter sido completamente diferente do seu, mas eu fui capaz de consertá-lo reinstalando o Unity (ambiente de desktop padrão do Ubuntu).
Para ser honesto, não me lembro exatamente quais comandos eu usei, mas aqui estão alguns tópicos que foram úteis para solucionar esse problema:
Como faço para reinstalar o Unity?
Reinstale o 'ubuntu-desktop' após remover o Gnome
A primeira resposta aqui também é útil:
Como reinstalar a unidade desktop no Ubuntu 14.04
Lembro-me de usar o apt para verificar se há dependências ausentes e que havia poucos relacionados ao Unity.