Eu vejo Michal Hruby fornecido uma solução para este problema aqui bug 705944 no Launchpad
Primeiro ponto zeitgeist
zeitgeist-daemon --quit
Em seguida, vá no diretório local zeitgeist
cd ~/.local/share/zeitgeist/
e remova o arquivo fts.index
rm -rvf fts.index/
Finalmente reinicie o zeitgeist
zeitgeist-daemon &
Nesse ponto, o zeitgiest começará a reconstruir o índice, o que pode demorar um pouco, dependendo da quantidade de arquivos e pastas que você solicitou para indexação.
Espero que isso ajude.