Sim, normalmente inicializar o Windows ou usar o chkdsk resolveria isso, mas agora que você está usando o Ubuntu não é uma opção. O Ubuntu tem algo parecido com o chkdsk (fsck), mas não suporta o ntfs. Sua solução deve ser a seguinte
sudo apt-get install ntfsprogs
sudo ntfsfix /dev/sdb1
Isso consertará isso para que você possa montá-lo e assim você pode acessar qualquer arquivo que possa estar lá. Você ainda pode usar o ntfs com o Ubuntu, mas se você quiser formatá-lo, você pode querer reparticionar primeiro
sudo fdisk /dev/sdb
Pressione d para apagar, depois n para adicionar e apenas inserir os valores padrão, supondo que você tenha e deseje apenas uma partição nela. Quando terminar, pressione w para escrever as alterações
Em seguida, formate para o sistema de arquivos Linux ext4
sudo mkfs -t ext4 /dev/sdb1
Atenção se você alterar o sistema de arquivos para o ext4, a unidade não poderá mais ser lida pelo Windows, apenas pelo Linux. Então, se esta é uma grande unidade, e você pretende arquivar compartilhar com computadores Windows ou sempre deseja se conectar a um computador com Windows para acessar arquivos, eu iria mantê-lo ntfs
Editar: se você não se importa com arquivos e ainda quer usar o NTFS, eu acho que você teria que usar o GParted para reformatar como NTFS.