É provável que você tenha perdido muitos arquivos porque você substituiu grande parte do disco (40Gig é muito).
Primeiro, você precisará criar uma partição no restante do dispositivo, mas não coloque um sistema de arquivos nele. Isso é feito facilmente no utilitário "Discos".
Em seguida, faça o seguinte para ver uma lista de arquivos que você pode recuperar:
sudo ntfsundelete <device>
Em seguida, use coisas como as seguintes para recuperar todos os jpgs:
sudo ntfsundelete <device> -u -m *.jpg
ou o seguinte para recuperar um arquivo por inode (a primeira coluna na saída do primeiro comando):
sudo ntfsundelete <device> -u -i 99999
Note que não testei isso porque não tenho esses dados para recuperar.