A funcionalidade semelhante de esconder todas as janelas e mostrar a área de trabalho é agora fornecida por vários plugins: Mostrar área de trabalho, Fade to Desktop e Plug-in do Ubuntu Unity, que parecem entrar em conflito uns com os outros. Entre os que você escolheria, naturalmente, Unity Plugin se você estiver usando Unity, mas não tem opção configurável para controlar o fadeout.
Mais sobre o status atual do problema, uma proposta de correções aqui - link e aqui - link .
A solução mais simples que encontrei até agora para atingir o efeito solicitado é acessar o Ubuntu Unity Plugin - > Switcher e desabilite Mostrar janelas minimizadas no switcher no Gerenciador de Configurações do CompizConfig. Obviamente não é uma solução muito elegante, mas aqueles como iniciar o showdesktop após o unityshell com o gconf, proposto no bug 1067534 foram explicitamente proibidos no bug 1063171 e permanecerão assim até o Unity 7 ou compiz 0.9.9.0.