Antes de fazer qualquer outra coisa, certifique-se de ter um backup de qualquer informação ou dados que sejam importantes para você em sua unidade do Windows ou em sua unidade do Ubuntu. Reconfigurar suas partições pode dar errado, e nem sempre a recuperação em nível de bits funciona.
Você pode ter substituído sua partição EUFI.
Você pode ter alterado alguns dos seus BIOS, assim o seu computador não está inicializando a unidade do Windows.
O Windows prefere ter a primeira unidade física, como é a unidade do sistema; Eu vi comportamento estranho do Windows quando não está na primeira unidade física.
O Grub2 é o gerenciador de inicialização usual do Linux. Há muita documentação na Internet sobre como usá-lo. O Google é seu amigo.