Não é possível formatar um disco rígido do qual você está inicializando no momento. Você precisaria usar o Ubuntu live cd / usb.
Você também deve conseguir formatar o instalador do Windows. Na verdade, eu tenho apenas uma ou duas vezes em minha vida instalado o Windows, então realmente não tenho idéia se o instalador do Windows tem esse recurso, mas ficaria seriamente surpreso se não o fizesse.