Encontrei uma solução para o mesmo problema em uma resposta para outra pergunta do askubuntu: link
Basicamente, você precisa configurar o Thunar como gerenciador de arquivos padrão para xfce
:
Depois de fazer isso, xdg-open
e gnome-open
evitarão usar exo-helper
para abrir o nautilus. De alguma forma, o gnome e o xfce se entrelaçam.
EDIT: a desvantagem é que agora Thunar abre em vez de nautilus ao abrir pastas. Mas eu acho isso menos frustrante, por outro lado eu poderia desinstalar o xfce4 se eu realmente não quiser