Sim, qualquer código malicioso escrito para o Windows não terá efeito em nada com um cabeçalho e kernel do Linux. Quando você escreve um código, você deve escrever o código para a plataforma como é pretendido. Como o cavalo de tróia é destinado ao Windows, o código nem será ativado em um ambiente Linux. Eu também gostaria de recomendar que o download aleatório e cego de qualquer coisa seja perigoso e imprudente em um computador com Windows. Se você fizer o download de algo e não estiver familiarizado com ele, coloque-o em uma máquina virtual e execute-o.