Deve usar baobab (analisador de uso de disco) para verificar o que está ocupando todo o espaço, faz representações visuais agradáveis de pastas & amp; seus tamanhos relativos também. Pode ter que rodar como root (sudo) caso haja muitos arquivos escondidos do seu usuário.
Mas às vezes os navegadores da web podem ocupar espaço com seus perfis ou caches, ou baixar arquivos .deb podem ser mantidos em /var/cache/apt/archives/ (um apt-get clean deve eliminá-los ou usar rm você mesmo)