Eu estava passando pelo mesmo problema. A instalação do meu aplicativo ficou parada por cerca de 15 minutos com a janela do Debconf aberta. Eventualmente eu procurei na web por uma solução. Logo depois de ver esta pergunta, a janela do Debconf foi fechada e a instalação foi concluída. Não sei por que demorou tanto, mas parecia estar fazendo alguma coisa. Eu recomendo esperar para ver o que acontece, desde que o sistema responda a movimentos do mouse. Se o sistema trava, o mouse não se move.