Você não precisa salvar nenhum arquivo para atualizar corretamente. A atualização apenas atualiza as fontes e pacotes de software para a versão mais recente. Os arquivos de configuração geralmente não são tocados ou simplesmente substituídos pela nova versão.
Somente se você fez alterações em alguns arquivos de configuração, talvez queira fazer um backup caso seja substituído pela atualização (embora o atualizador deva notificá-lo nesse caso)