Você recebe o erro porque a versão não foi afetada e a versão é exatamente a mesma. Você não deveria ter o mesmo pacote com a mesma versão no mesmo ppa. Para lançar com vários lançamentos, normalmente eu uso a versão secundária:
mypackage_1.2-0ubuntu1 < for lucid
mypackage_1.2-0ubuntu2 < for maverick
Ou eu nomeio-os por lançamento.
mypackage_1.2-0lucid2
Supõe-se que seja uma forma mais formal e debian de fazer isso, mas não o encontrei.