No meu caso,
Estou usando o Ubuntu 12.04. Meu tamanho de caixa de entrada era de 4 GB (eu acho limitação de os), então eu criei um novo diretório de arquivos como 2013 e movi todos os e-mails antigos na data de 2013 da caixa de entrada.
Além disso, você pode verificar o tamanho da sua caixa na pasta do seu thunderbird:
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