Se qualquer outro usuário remoto estiver logado em seu PC, ou qualquer software que execute usando uma outra sessão, o Ubuntu se comportará como você está dizendo que não é um problema, na verdade, impede que você desconecte o usuário remoto, mas se você desligar do botão de energia, então ele forçará o desligamento e desconectará a sessão de qualquer outro usuário.
antes de encerrar, verifique se alguma outra sessão ainda está em execução.
pelos seguintes comandos
% bl0ck_qu0te%ou
% bl0ck_qu0te%e mate a sessão e tente um desligamento normal.