Você pode compilar o mysql 5.6 a partir do código-fonte com ./configure --prefix = / opt / mysql56 faço faça instalar se ainda usar o autoconf. Você também teria que alterar o número da porta.
Mas eu acho que seria muito mais fácil ter o mysql 5.6 em uma máquina virtual separada, usando o virt-manager (kvm), o vmware ore virtualbox.