Argumentos como -R quase sempre precedem o destino do comando. Seu primeiro comando teve o argumento após o alvo e como não havia nameOfFolder -R você obterá no such file or directory . Sugira que você leia man rm e man rmdir para obter detalhes da sintaxe e dos argumentos disponíveis.
Se as pastas estiverem aparecendo no Nautilus, você poderá arrastá-las para a janela do Terminal depois de inserir o comando e os argumentos e o caminho para o destino será inserido automaticamente.