Não é um problema. A listagem no primeiro link é para o conteúdo do ISO do Ubuntu 14.04.1 e não tem nada a ver com o conteúdo de um espelho (o segundo link).
ubuntu-14.04.1-server-amd64.list em link versão 5.5.38 do servidor MySQL (/pool/main/m/mysql-5.5/mysql-server-5.5_5.5.38-0ubuntu0.14.04.1_amd64.deb); mas esta versão não está lá no link . Então, o MySQL não pode ser instalado através do apt-get.
Como posso resolver este problema? Suponha que eu não possa mudar o /etc/apt/sources.list
Não é um problema. A listagem no primeiro link é para o conteúdo do ISO do Ubuntu 14.04.1 e não tem nada a ver com o conteúdo de um espelho (o segundo link).