Luks trabalha no nível de bloco, então, teoricamente, você pode colocar qualquer sistema de arquivos que desejar dentro dele, incluindo o NTFS.
Mas você não poderá inicializar diretamente no Windows e acessá-lo, exceto se eu suspeitar que o Windows estivesse sendo executado em uma máquina virtual dentro da sua instalação do Linux.
Embora a configuração esteja fora do escopo deste site, você pode usar o Bitlocker.