Não tenho certeza do que você está perguntando, mas quase tudo no GNOME não usa mais o gconf. Eles usam o dconf. Além disso, sim, você não pode editar pares ou esquemas no gconf-editor. Ele provavelmente nunca será consertado, já que o GNOME se mudou do gconf para o dconf.
Não tenho certeza do que você acha que os esquemas sejam ilegíveis. Se você pode ver o esquema no gconf-editor, então é claramente legível.
Se você simplesmente forçar diretamente os pacotes instalados de 14.10 para 12.04, provavelmente terá um problema mais profundo que os esquemas. Muita coisa mudou nos últimos 2,5 anos, tanto no GNOME quanto no Ubuntu.
Você quebrou o sistema, então você realmente consegue manter as duas peças. Eu não tenho idéia da sua pergunta, o que está realmente quebrado, então eu não posso te dizer como consertar isso. Atualizar para 14.04 pode ajudar.
Observar ~/.xsession-errors
deve informar por que a sessão não carrega depois do login.