Bem, isso é um problema com o uso de pacotes de fora dos repositórios do Ubuntu. Você precisará pedir ao Docker Engine Developers para escrever um perfil apparmor para você ou escrever o seu próprio perfil. O mesmo com um perfil de selinux.
Agora aqui é onde você começará a ter opções, caso use ou não use LXC, apparmor, selinux, etc.
Por exemplo, os desenvolvedores do Docker acham que você precisa atualizar o link e essa é certamente uma maneira de gerenciar a situação.
Apparmor e selinux protegem você (potencialmente) de explorações de dia zero, mas as explorações são corrigidas por meio de atualizações.
A vantagem do apparmor é que é mais fácil de aprender. A desvantagem é que você tem que escrever seu próprio perfil.
Veja a documentação do apparmor
ou, para um exemplo prático, usando um programa simples, consulte o link
Enquanto estivermos em opiniões ...
O RHEL e o Fedora estão um pouco à frente da curva em comparação ao Ubuntu em termos de virtualização. O RHEL está trabalhando com o Docker para fornecer suporte, incluindo o selinux
Não tenho certeza sobre o Fedora e o Docker, mas o Fedora usa o selinux e o virtmanager para gerenciar o LXC.
No final do dia, você terá que revisar as opiniões e seguir a solução que funciona melhor para você.