Uau! Legal!
Resposta curta
O sistema de arquivos mais fácil é o FAT16, então eu baixaria o código fonte para isso e começaria a mexer nele.
Resposta longa
Você poderia elaborar um pouco sobre o que você está tentando realizar aqui? Quero dizer: Os sistemas de arquivos estão no extremo mais baixo do espectro de desenvolvimento ("Baixo"="Baixo nível, alto em complexidade").
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No caso de um sistema de arquivos criptografados, eu baixaria o último "código fonte TrueCrypt" (primeiro link no google no momento da escrita) e começaria a partir daí!