pppeoconf escreve diretamente em /etc/interfaces , e o gerenciador de rede não gosta disso.
As interfaces em /etc/network/interfaces não são mais controladas pelo gerenciador de rede.
Você pode alterar 'managed' para 'true' no arquivo /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf , mas por algum motivo eu esqueci que não é recomendado.
Eu removia as entradas de /etc/interfaces e usava o gerenciador de rede para criar a conexão.