Eu sou um usuário Ubuntu bastante recente e não um especialista em computadores e estava tendo exatamente o mesmo problema que você. Depois de algumas dificuldades, consegui evitar a mensagem "CPU Throttling aparentemente habilitado!" e obteve o ATLAS 3.10.2 instalado.
A primeira dica que recebi foi no link , onde basicamente diz que " A única vez que o ATLAS deve detectar o afogamento que não está ocorrendo é quando os processadores são corrigidos para rodar em uma velocidade menor que a velocidade máxima. " Meu processador não estava funcionando na velocidade máxima, pois eu tinha um limite de velocidade do BIOS.
Se você tiver o mesmo problema, observe a freqüência máxima permitida no arquivo /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_max_freq . Copie este valor para os arquivos de cada processador (/ cpu / cpu1, / cpu / cpu2 etc). Você precisa fazer isso como superusuário, mas antes de entrar em vigor, é necessário editar o arquivo /sys/module/processor/parameters/ignore_ppc de 0 a 1. Mais detalhes são fornecidos aqui .
Isso ainda não foi suficiente para mim e concluí que precisei editar os arquivos /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_min_freq para o mesmo valor que foi usado antes. Depois disso, eu não recebi mais a mensagem chata e o ATLAS foi instalado com sucesso!
update: Acabei de passar por esse processo novamente e parece que o problema real é ter o driver de escalonamento de energia intel p_state ativado. O procedimento acima só funcionará se você desativá-lo primeiro. Siga as instruções em aqui e substitua "enable" por "disable" como explicado aqui .