Observação: o que você deseja é fazer backup e não sincronizar. Sincronizar não é backup. Por exemplo, se você sincronizar uma pasta local com uma pasta remota e excluir um arquivo da pasta local, ela será excluída do controle remoto quando as pastas forem sincronizadas. Então você não terá esse arquivo em nenhuma das pastas e não haverá como recuperá-lo.
O software de backup padrão, Déjà Dup incluído no Ubuntu, deve ser capaz de fazer backup para o servidor ssh remoto. Também permite criptografia. Pesquise aqui para perguntas relacionadas.
Se você quiser uma sincronização, procure em lsyncd . Está no repositório do Ubuntu. Isso significa que você pode instalá-lo usando o Ubuntu Software Center ou o comando sudo apt-get install lsyncd
.
Espero que isso ajude