Primeiramente, os erros que você está vendo com make install
são porque ele está tentando instalar em um local de propriedade da raiz. Você precisaria fazer sudo make install
para instalar o programa.
Em segundo lugar, se você tiver a versão apt-get
instalada do minisat, será necessário começar removendo-a e, em seguida, executando o sudo make install
para realmente instalar o software após sua criação.