Existem duas maneiras de ir do Ubuntu 13.10 para o 1.04.1 LTS, você pode atualizar usando o 'Software Updater' e nenhum dado será perdido ou você pode fazer uma instalação limpa. Eu recomendo fazer uma instalação limpa, mas certifique-se de fazer backup de todos os dados importantes, uma vez que serão excluídos se você decidir ir com uma instalação limpa. Também o Ubuntu 14.10 saiu ontem, então você pode querer considerar saltar direto para ele, até agora tem sido sólido como uma rocha.
Atualize de uma versão anterior do Ubuntu link