Sim, pode ser usado gratuitamente. Como explicado em unbuntu.com , uma organização pode usá-lo livremente para interno use:
% bl0ck_qu0te%Se a sua organização usasse o Ubuntu para uso externo , significando redistribuição para outras pessoas fora da organização, ele teria que obedecer tanto a (a) GPL quanto (b) os direitos autorais do Ubuntu em logotipos e outra propriedade intelectual. Seus usos parecem ser internos e, portanto, não estão sujeitos a essas restrições.