Você disse que está usando inicialização dupla. Qual bootloader você está usando? Se você instalou o ubuntu após a instalação do Windows, provavelmente o 'grub' será o gerenciador de inicialização, tornando-o incapaz de inicializar o Windows se você formatar a partição do ubuntu a partir do Windows.
Aplicativo como o BCD pode ajudá-lo. Por favor, veja o seguinte link. Pode te ajudar.