Você certamente pode criar seu próprio repositório apt e configurar seu servidor de produção para usá-lo. Você NÃO precisa postar seus debs em um ppa público (ou seja, arquivo Ubuntu).
Esta página wki fornece os passos básicos para criar um repositório deb e como atualizá-lo quando você coloca novas versões de pacotes.
O guia trata da criação de um repositório local baseado em disco. No seu caso, eu acho que você quer disponibilizá-lo para consumo remoto - você pode fazer isso apenas expondo o diretório no apache2.