Existem alguns utilitários para reduzir o consumo de energia e o aquecimento, como tlp
e laptop mode tools
(se for um laptop, é claro).
Para instalar o TLP, faça o seguinte:
sudo add-apt-repository ppa:linrunner/tlp
sudo apt-get update
sudo apt-get install tlp tlp-rdw
sudo tlp start
Quanto às ferramentas do modo laptop, está no centro de software.
Eu mesmo tenho tlp e, em média, minha temperatura é de 75 C (que é 167 F). Claro, é menor se eu usá-lo menos intensamente, e é a mesma temperatura que recebo no Windows 7.
Entre outras coisas, verifique se sua máquina está devidamente ventilada. Se é um laptop, tente investir em uma bateria maior que irá aumentar o seu laptop um pouco e, portanto, abrir caminhos de passagem de ar, ou pelo menos em bloco de resfriamento (tudo está na Amazônia, caras e preços razoáveis).
Dica adicional: é possível que a pasta de resfriamento colocada entre a CPU e o dissipador de calor fique seca e, portanto, talvez seja necessário abrir o laptop e adicionar a pasta. Eu tive que acontecer uma vez que meu laptop estava superaquecendo perto de 90 graus Celsius; depois que abri o laptop, percebi que a pasta secava. Depois de adicioná-lo - tudo voltou ao normal.