Algo (app, DB, util) está consumindo toda a sua tabela proc na inicialização. Sugiro ir no modo de usuário único e desativar todo o processo não-root usando chkconfig e, em seguida, reinicializar.
Quando estiver no console, você pode iniciar as coisas manualmente, uma de cada vez, e determinar qual processo está matando seu servidor. Você notará que a média de carga aumenta usando top depois de iniciar cada processo em /etc/init.d .