/ proc é um sistema de arquivos virtual que representa o estado do sistema ao vivo, incluindo processos e seus mapas de memória virtual, portanto, é inapropriado fazer backup, a menos que você depure o kernel ou algo assim. Outros sistemas de arquivos virtuais somente em tempo de execução são / sys, / run e / dev.
Dado que o seu backup existente contém algum lixo de / proc e talvez os outros componentes do sistema de arquivos quando você tentou pela última vez, eu pelo menos excluo esses componentes do backup se puder, e tente novamente, desta vez sem eles. Deja-dup deve estar bem (pessoalmente eu ainda estou usando o rsync na linha de comando do que eu aprendi na época).