Você conhece diferentes consoles virtuais no Linux? Da próxima vez que você pegar um congelamento, se você apertar CTRL-ALT-F6 (ou F1-F5), você terá um console diferente que você pode logar e recuperar o controle. De lá você pode correr 'top', encontrar o porco do recurso e matá-lo. É tudo linha de comando, então, aperfeiçoe suas habilidades no terminal.
Com relação ao seu problema de pacote, talvez você queira tentar remover o pacote ofensivo antes de atualizar novamente. sudo apt-get remove gcalctool pode não ser uma má idéia, é apenas uma calculadora de qualquer maneira. O sistema deve ser capaz de reinstalá-lo, se necessário.
Caso contrário, você pode tentar atualizar a partir da linha de comando altogther.
HTH!