Eu estava tendo problemas parecidos com você no passado, e descobri depois de muita escavação que o módulo de reescrita foi desativado após a atualização ..
Tente isso, espero que isso ajude você ..
habilitar reescrever
a2enmod rewrite
reinicie o apache
/etc/init.d/apache2 restart
ou
service apache2 restart
isso também ajudará depois disso, adicione isso ao seu arquivo .htaccess na raiz do domínio que você está visualizando:
AllowOverride All
hth, vivas, K