Sim, o Windows 8.1 não respeitará a assinatura do GRUB no MBR e colocará sua própria entrada de inicialização. A configuração do Windows 8.1 pode não excluir as partições do Ubuntu por conta própria (a menos que você diga), mas a instalação do Ubuntu precisará ser resgatada após a instalação do Windows 8.1.
Eu sugiro que você primeiro faça backup de todos os dados de instalações do Ubuntu e prossiga.
Atualização:
Veja o link: Instalando o Windows 8.1 após o Ubuntu 14.04
Verifique também o link dentro do link acima também. Isso deve ajudar.