Eu acredito que tenho o mesmo problema com o Ubuntu 14.04 (xfce).
Eu originalmente pensei que era porque eu tinha adicionado SQLite Manager para o Firefox (ele parou de responder), mas não parece estar relacionado a isso.
Acho que o problema aparece e, se for deixado sozinho, será resolvido em poucos minutos.
Durante o período de resposta ímpar, o menu do botão direito do mouse pode não funcionar, possivelmente devido a um foco incorreto. Eu descobri que posso clicar na barra de tarefas e trazer um aplicativo para a frente, mas não consigo acessar o aplicativo (por exemplo, não posso escrever em um documento, não posso clicar com o botão esquerdo para mover o cursor).
Com o teclado, os atalhos que adicionei (SUPER + L, SUPER + E) não funcionam, mas algumas combinações de teclas funcionam (CRTL + ALT + F1). Eu posso mudar para um terminal e trabalhar no terminal. Originalmente eu iria para um terminal e mataria X, mas quando eu percebi que tudo viria bem depois de um período, eu apenas espero.
O computador é o Dell Latitude E6500.