O posicionamento da janela é definido pelo plug-in Compiz "Place Windows".
Tente alterar a configuração padrão "inteligente" com "Pace em todas as saídas".
Digite em um terminal o seguinte comando para alterar o comportamento do canal:
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/place/multioutput-mode 3
Para restaurar a configuração padrão:
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/place/multioutput-mode 0