Primeiro, limpe o MBR com dd. (CERTIFIQUE-SE de que você sabe qual dispositivo é, pois isso destruirá qualquer coisa lá. Se você fizer isso no seu disco rígido, estará acabado.)
dd if=/dev/zero of=/dev/sdb bs=512 count=2
Então você deve ser capaz de desmontá-lo, desconectá-lo, conectá-lo novamente e reformatá-lo com o Ubuntu. Ou faça isso na linha de comando com o fdisk.