Esta não é uma solução para seus problemas com o YouTube por meio de um navegador + flash, mas o Minitube permite que você reproduza o YouTube vídeos em tela cheia sem os problemas observados e provavelmente mais suaves também.
sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8 -y && sudo apt-get update && sudo apt-get install minitube
Você pode tentar usar o Google Chrome ou o chromium + pepperflashplugin-nonfree se quiser usar o YouTube em um navegador.