Se forem apenas "dados" que você deseja proteger, tente usar softwares como o VeraCrypt para criar uma partição criptografada separada onde você pode colocar todos os seus dados.
Como você iria criptografar toda a sua unidade do sistema depois de instalar o Ubuntu? Eu tenho o Ubuntu versão 14.04 LTS e estou usando um laptop, então eu gostaria de ter meus dados criptografados.
Se forem apenas "dados" que você deseja proteger, tente usar softwares como o VeraCrypt para criar uma partição criptografada separada onde você pode colocar todos os seus dados.