Se for mais recente e usar UEFI, desative a inicialização segura e configure-a para o modo herdado. Isso deve resolver qualquer problema que você tenha, pois ele funcionará como um BIOS. Tudo o que o Wubi faz é adicionar uma imagem de disco contendo o Ubuntu, um arquivo "mbr" contendo o GRUB e uma entrada de inicialização no BCD.
Se ele usa um BIOS, talvez o seu problema esteja nos privilégios de administrador. Dê o admin do Wubi e tente novamente.
Espero que isso ajude.