Tem certeza de que seu GRUB está configurado corretamente para usar o kernel correto como o kernel padrão? Você pode verificar isso no arquivo do menu GRUB no diretório / boot. Desculpe, não posso lembrar o nome exato agora.
Além disso, você pode considerar a reinstalação do carregador de inicialização GRUB.
Pensamento final, espero que você não tenha excluído outra coisa que não deveria ter. Eu sugiro que você recupere seu diretório / boot a partir de backups, re-GRUBbing e então vá de lá.