passwd
não tem nada a ver com permissões (sistema de arquivos). O primeiro gerencia os dados de autenticação, o último é uma forma de registro de autorização.
Corrigir permissões do servidor da web
Dê uma olhada nas permissões de propriedade e leitura da subárvore de diretórios da sua instalação do WordPress. Eles precisam ser legíveis pelo usuário em que o servidor da Web é executado.
Redefinir a (super) senha do usuário excluída
Eu recomendo que você consulte Como faço para redefinir uma senha administrativa perdida? para isso.