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Você não pode instalar o Ubuntu dentro do Windows 8.1, como se fosse capaz de instalá-lo no Windows 7 e em outras versões antigas do Windows.
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No entanto, você pode instalar o Ubuntu junto com o Windows para inicializar o Ubuntu na inicialização. Quando você está instalando o Ubuntu, você tem a opção de instalar o Ubuntu ao lado do Windows. Verifique se o USB está no topo da lista no menu de inicialização.
p.s. Eu também estou usando o Ubuntu ao lado do Windows 8.1 e é bom.