Não, não deve haver nenhuma consequência adversa de fazer backup em um disco rígido adicional (exceto o aumento no consumo de energia, desgaste e desempenho reduzido durante o backup, é claro).
A menos que você faça algo extravagante (como algumas soluções de backup proprietárias), poderá tratar sua unidade de backup como um meio de armazenamento comum com um sistema de arquivos comum. Se feito corretamente, você poderá inicializar diretamente a partir do meio de backup.