Resposta curta
O Ubuntu não executa nenhum software em mídia externa, a menos que você o diga. É perfeitamente seguro montar automaticamente qualquer sistema de arquivos que você encontrar.
Resposta longa
É teoricamente possível criar um sistema de arquivos que acionaria um bug no driver do sistema de arquivos e corromperia o kernel. Também é teoricamente possível criar o firmware de um dispositivo USB para corromper a pilha USB do Linux assim que você conectá-lo e o computador começar a interagir com ele . No entanto, não há vulnerabilidades (publicamente) conhecidas para qualquer um dos dois, e se houvesse, seria corrigido quase instantaneamente. Você está relativamente seguro aqui e deve concentrar seus esforços de mitigação em vetores de ataque mais prováveis¹.
¹ a menos que você administre uma instalação de energia nuclear em um Terrorist State ™.