Resolvi o problema adicionando setxkbmap -layout pl
ao meu arquivo ~/.profile
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Meu idioma padrão é polonês. Às vezes, quando o sistema carrega, quando eu tento pesquisar algo no navegador usando letras polonesas (ąężźśćółń) eu ative os atalhos de teclado (como normalmente ALT + A deve dar ą mas ele faz outra coisa, por exemplo seleciona todo o texto no site). Se eu mudar de idioma para inglês e para polonês novamente (usando o botão de idioma [Pl] nesta imagem ) tudo funciona corretamente. O navegador é apenas um exemplo, no bate-papo do Steam, tenho um problema semelhante até mudar para EN e selecionar novamente o PL.
Resolvi o problema adicionando setxkbmap -layout pl
ao meu arquivo ~/.profile
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Talvez (alguns de) seus atalhos de teclado personalizados entrem em conflito com atalhos que já foram "tomados" pelo seu sistema. Tente alterar seus atalhos de teclado personalizados para que eles sejam exclusivos.