Parece que o GRUB só sabe dos kernels que você excluiu e não dos que ainda existem.
Sugiro rodar um reparo de inicialização . Em uma VM (da qual eu nunca tentei reparar o boot antes), você deve tentar iniciar a VM, inicializando em um USB ou DVD ao vivo (o arquivo iso funciona), instalando o reparo de inicialização e executando-o. Espero que isso corrija suas opções na inicialização normal para que elas contenham botas com kernels que você tenha.